O Município de Peritiba é banhado pelo Rio Rancho Grande e seus afluentes que faz divisa com o Município de Concórdia no lado oeste e pelo Arroio 37 Passos que corta o Município de leste a sul.
Outros riachos menores também são encontrados no Município, entre eles o Formiga que se junta ao Arroio dos Veados, o qual atravessa a cidade de Peritiba.